Microscopia ottica avanzata

Tecniche di microscopia avanzata

Per migliorare la nostra comprensione della biologia del cancro a diverse scale, ci siamo impegnati nell’ottimizzazione e nell’ampliamento dell’accesso a una vasta gamma di tecniche di microscopia ottica, tra cui:

• Mobilità molecolare:
  Optogenetica, Fotoattivazione/photoswitching, FLIP (Fluorescence Loss in Photobleaching), FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching)
• Microiniezione/Micromanipolazione
• Microscopia non lineare:
  Eccitazione a due fotoni (2PE), Generazione di seconda armonica (SHG)
• Interazioni proteiche:
  Colocalizzazione, FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), Imaging basato sul tempo di vita della fluorescenza
• Stimolazione laser-indotta:
  Risposta al danno indotto al DNA, Ablazione laser
• Meccanobiologia
• Nanoscopia:
  Microscopia a super-risoluzione (STED)
• Microscopia correlative luce-elettroni (CLEM)

Supporto alla preparazione dei campioni

Forniamo assistenza per la preparazione e la colorazione dei campioni, sia per esperimenti su cellule vive che su cellule fissate. In particolare, offriamo:

• Protocolli per immunofluorescenza e colorazione di cellule vive.
• Protocolli per la chiarificazione di organoidi e tessuti
• Fornitura di reagenti (anticorpi di uso comune, DAPI per la colorazione dei nuclei, anticorpi coniugati per la microscopia STED)
• Supporto per ottimizzare la preparazione e l’acquisizione dei campioni

Analisi delle immagini ed elaborazione dati

Con circa 180 protocolli di analisi personalizzati sviluppati annualmente, il nostro team fornisce supporto immediatamente dopo la raccolta dei dati, dall’elaborazione delle immagini, alla loro analisi e interpretazione. Tutti i plugin e le pippelines possono essere sviluppati in software open-source (Fiji, CellProfiler, QuPath) o su piattaforme commerciali (Matlab, Arivis, Harmony, Prism).
Esempi di strumenti implementati includono:

• Rilevamento di cellule, nuclei e particelle:
  Segmentazione e classificazione con metodi classici e/o machine learning (2D e 3D)
• Tracking di cellule e particelle:
  Pipeline per il tracking cellulare, PIV (Particle Image Velocimetry), wound healing e traffico di particelle
• Motilità molecolare:
  Analisi di FRAP
• Analisi di imaging label-free:
  Analisi dell’orientamento delle fibre di collagene con strumenti di machine learning
• Interazioni proteiche:
  Quantificazione della colocalizzazione, formazione di foci (2D e 3D), analisi FRET
• Analisi di immagini di immunoistochimica:
  Pipeline di rilevamento oggetti con segmentazione con soglia di colore o machine learning (modelli pre-addestrati o personalizzati), applicabile ad analisi di vetrini interi o singole immagini
• Analisi immagini assistita da IA
  Integrazione di strumenti di intelligenza artificiale e machine learning per migliorare segmentazione, tracking e analisi quantitativa

Formazione e supporto

Offriamo supporto completo e personalizzato sia per ricercatori senior che per scienziati all’inizio della carriera, favorendo lo sviluppo delle competenze necessarie per sfruttare al meglio le risorse avanzate di microscopia disponibili presso IFOM.

Microscopi disponibili

• Microscopi a campo largo(4 upright, 1 invertito, 1 stereoscopico) per microscopia in fluorescenza e/o a luce trasmessa
• IXplore (Evident): Microscopio a campo largo per imaging di cellule vive o campioni fissati
• Thunder (Leica): Microscopio a campo largo con deconvoluzione computazionale per l’imaging di cellule vive o campioni fissati
• DeltaVision (GE Healthcare):Microscopio a campo largo con deconvoluzione per campioni fissati o imaging di cellule vive
• TIRFM(Leica): microscopio a riflessione interna totale, per l’imaging di cellule vive o campioni fissati
• Spinning Disk CSU (Evident): Microscopia a campo largo, confocale a spinning disk e fotomanipolazione per l’imaging di cellule vive o campioni fissati
• TCS SP2 AOBS (Leica): Microscopio confocale
• TCS SP5 Inverted (Leica): Microscopia confocale, non lineare e fotomanipolazione per campioni fissati o cellule vive
• TCS SP5 Upright (Leica): Microscopia confocale, non lineare, per campioni fissati o cellule vive; imaging intravitale
• TCS SP8 STED (Leica): Microscopia confocale, a super risoluzione (STED), FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy), fotomanipolazione, per campioni fissati o cellule vive
• TCS SP8 DLS (Leica): Microscopia confocale e Light Sheet per campioni fissati o cellule vive
• Stellaris 8 DIVE (Leica): Microscopia confocale, non lineare, FLIM, fotomanipolazione, per campioni fissati o cellule vive; imaging intravitale

Maggiori informazioni

• Evident Scietific
• Leica Microsystems

Altra strumentazione

• Envision (Revvity): Lettore di micropiastre
• AIS2: Sistema di microiniezione
• CellASIC ONIX2 (Merck): Sistema microfluidico

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   USP1 deubiquitinates PARP1 to regulate its trapping and PARylation activity.
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