Oltre alla fitta rete di collaborazioni internazionali sui singoli progetti di ricerca, con alcuni primari istituti di ricerca IFOM ha stabilito sinergie continuative su aree strategiche di reciproco interesse. Gli accordi hanno dato luogo a programmi di ricerca congiunti che riflettono la condivisione degli obiettivi strategici e scientifici dei partner e l'integrazione delle rispettive risorse tecnologiche e competenze professionali.
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La ricerca extramurale di IFOM viene condotta attraverso la costituzione di Joint Research Laboratory (JRL) in collaborazione con istituti di ricerca di livello mondiale. I JRL si trovano nelle sedi del partner scientifico, ma sono gestiti dalla sede IFOM di Milano (Italia). Per saperne di più sui JRLs